A-centrum vzniklo v září roku 1997 z potřeby zajistit klientům postiženým autismem specializovanou péči, která vychází z charakteru jejich postižení. Jelikož klienti z hlediska hloubky postižení, věku a kombinace s jinými vadami jsou velmi rozdílní, bylo třeba vycházet důsledně z jejich individuálního hodnocení podle posuzovacích škál, které byly vypracovány speciálně pro tento typ poruchy. Na základě tohoto hodnocení byli klienti s autismem a příbuznými vývojovými poruchami rozděleni do několika skupin.
Klienti s převahou autistických rysů byli zařazeni do chráněné skupiny, která je řízena přímo A-centrem. Program vychází z TEACCH programu, což je světově uznávaná výchovně-vzdělávací strategie pro klienty s autismem. Základními principy v této skupině jsou vedle individuální péče důsledná strukturalizace prostoru a času a komunikace s vizuální podporou. Zvláštní pozornost je věnována problémům v chování, což znamená minimalizaci projevů nevhodného chování a navozování chování žádoucího. Klienti využívají všech možností rehabilitace a aktivit volného času, které Modrý klíč nabízí (rehabilitace, bazén, hipoterapie apod.). Integrace klientů probíhá velmi opatrně za dozoru odborníka.
Klienti, u kterých se autismus projevuje jen do určitého stupně a u kterých převažuje mentální retardace, jsou na základě individuálního hodnocení zařazeni do vhodné školní či pracovní skupiny.
Chráněné byty pro klienty s autismem jsou rovněž pod patronací A-centra. Všichni asistenti v bytech jsou vyškoleni v problematice autismu, dodržují strukturalizaci denního režimu dle individuálních plánů klienta a podílejí se na práci celého odborného týmu. A-centrum poskytuje také poradenské a konzultační služby zájemcům z jiných zařízení, pořádá přednášky pro rodiče i odborníky. Pravidelně vždy třetí čtvrtek v měsíci společně s občanským sdružením Autistik pořádá setkání rodičů takto postižených dětí a dalších zájemců s krátkou odbornou přednáškou a navazující besedou.
Centrum má úzké kontakty se zahraničím, je členem mezinárodní skupiny TEACCH program a jeho příspěvky k tomuto programu jsou vysoce hodnoceny zakladatelem TEACCH programu, panem profesorem Ericem Schoplerem.